El campo ValorUnitario del comprobante fiscal debe tener como valor mínimo incluyente "0.0001", debe cumplir con el patrón [0-9]{1,16}(.([0-9]{1,4}))? y debe estar registrado con la cantidad de decimales que soporte la moneda en la que se expresan las cantidades del comprobante.
En este caso la moneda Pesos, si vamos al catalogo observaremos que los decimales permitidos son 2 por ello hace el redondeo.
Fuente.
Guía de llenado del comprobante al que se le incorpore el complemento para comercio exterior
http://www.sat.gob.mx/informacion_fiscal/factura_electronica/Documents/Complementoscfdi/GuiaComercioExterior3_3.pdf
Pag. 52
Saludos.
Soporte simplifica.